Hlavním problémem při konverzi do x3d byly prototypy. Pomocí nástroje Chisel se bohužel nedařilo zbavit prototypů tak, aby výsledný wrl soubor nebyl plný chyb (nepodařilo se nám zjistit kde je problém). Proto jsme se rozhodli postupně každý model ve scéně zkonvertovat pomocí nástroje aopt do x3d. Ty modely, které byly prototypy jsme ručně převedli tak, aby to byly wrl soubory bez definic prototypů. V hlavní scéně jsme poté pouze nahradili prototypy příkazy inline s příslušnými modely. Výsledkem je tedy statická scéna bez šipek na interaktivními modely.
Dalším problémem bylo zobrazení x3d souboru ve webovém prohlížeči, HTML 5 totiž nepodporuje nepárové tagy, proto jsme museli každý nepárový tag (inline, viewpoints,...) nahradit tagem párovým, a pak se celá scéna zobrazila (alespoň na serveru, na local hostu stále ne). Z podobného důvodu se nejspíše nezobrazují stěny a střecha hodin, ale i po nahrazení nepárových tagů extrusion párovými se nezobrazují správně. Dále se z neznámého důvodu nezobrazuje červená budova vytvořená 3D rekonstrukcí. Problém by mohl být v nepárovém tagu "TextureCoordinate" nebo "Coordinate", ale jejich nahrazení párovými není z důvodu jejich velkého množství možné.